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Épidémiologie génomique ONT (Procaryotes)

Nanopore Genomische Epidemiologie (Prokaryoten)
 
 
Caractérisez la résistance, la virulence et les plasmides en un seul séquençage.
Le service d’épidémiologie génomique ONT de Microsynth analyse les génomes procaryotes par séquençage à longues lectures et pipeline dédié pour la résistance, la virulence et la typisation des souches.

Ce que vous pouvez accomplir

  • Identifier les espèces avec un profil taxonomique de haute résolution
  • Détecter les gènes de résistance aux antimicrobiens (AMR) et de virulence
  • Reconstruire et analyser les plasmides
  • Identifier des SNPs et variantes structurelles (si une référence est disponible)
  • Réaliser des analyses MLST et ANI pour les comparaisons épidémiologiques

Avant de commencer

Pour personnaliser l’analyse, merci de nous préciser :

  • Quel(s) organisme(s) ou souche(s) étudiez-vous ?
  • Disposez-vous d’un génome de référence (par ex. NCBI Accession) ?
  • Votre intérêt porte-t-il principalement sur les gènes AMR, les gènes de virulence, les plasmides — ou les trois ?
  • Y a-t-il des gènes ou caractéristiques spécifiques que vous souhaitez cibler ?

Workflow modulaire

Un processus structuré conçu pour identifier et contextualiser les caractéristiques génomiques :

Épidémiologie génomique nanopore

Analyse bioinformatique

Notre pipeline spécialisé comprend :

  • Classification taxonomique via ANI et MLST (si un schéma est disponible dans PubMLST)
  • Détection des gènes AMR à l’aide de bases de données de résistance sélectionnées
  • Identification des facteurs de virulence à partir d’annotations publiques et internes
  • Récupération et reconstruction des plasmides
  • Appels de variantes si un génome de référence est fourni
  • Visualisations des profils de résistance, cartes plasmidiques et clusters de gènes

Vous recevrez :

  • Séquences annotées des génomes et plasmides
  • Tableaux présence/absence des gènes AMR et de virulence
  • Rapports MLST et ANI
  • Tableaux et visualisations des variantes
  • Toutes les données de séquençage brutes et traitées

Délais de traitement

  • Résultats disponibles sous 3 à 7 jours après réception de l’échantillon

Selon la complexité du génome et la présence d’une référence.

Exigences pour les échantillons

Option 1 : ADN HMW pré-extrait

  • Minimum 1 μg d’ADN génomique de haute qualité
  • ≥50 % des fragments >10–20 kb
  • 260/280 >1.8 et 260/230 entre 2.0–2.2
  • ≥30 μl à ≥30 ng/μl

Option 2 : Cultures ou colonies (avec extraction)

  • Pellet bactérien, colonie isolée ou culture liquide
  • Étiqueté clairement, frais ou correctement conservé
  • Indiquer le type de milieu utilisé et toute instruction spécifique de manipulation

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