Séquençage du génome de levure par nanopore (ONT)

Obtenez des génomes de levure complets avec des annotations de haute qualité — rapide et fiable.
Idéal pour l'assemblage de novo à partir de populations clonales de levures en utilisant la technologie à longues lectures d’Oxford Nanopore.

Ce que vous pouvez accomplir

Générer des assemblages de génome de haute qualité, annotés
Obtenir des métriques d’assemblage détaillées et des outils de visualisation
Séquencer des chromosomes entiers sans artefacts induits par PCR
Séquençage sans hypothèse préalable de génomes natifs complets de levure

Avant de commencer

Pour bien préparer votre projet, merci de préciser :

Enverrez-vous de l’ADN génomique purifié ou des pellets de cellules de levure ?
Préférez-vous un assemblage standard ou hybride (avec polissage par lectures courtes) ?
Si vous envoyez de l’ADN : avez-vous vérifié la concentration et la pureté de l’ADN génomique de haut poids moléculaire (HMW) ?

Workflow

Un pipeline modulaire et optimisé pour le séquençage complet du génome de levure :

Séquençage du génome de levure avec Oxford Nanopore

Analyse bioinformatique

Votre génome est assemblé et annoté :

Assemblage de novo poli du génome
Prédiction et annotation des gènes
Évaluation de l’exhaustivité avec BUSCO
Métriques de qualité pour les lectures brutes et les contigs
Rapport interactif au format HTML

Vous recevez :

Lectures brutes (.fastq.gz)
Génome poli (.fasta)
Annotations génétiques (.gff et .gbk)
Rapport de synthèse (.html)
Métriques des contigs, scores BUSCO et statistiques visuelles (.png/.tsv/.txt)

Si vous fournissez un génome de référence, vous recevrez également une analyse de variants et de couverture.

Délai d'exécution

10 jours ouvrables si ADN génomique déjà extrait
15 jours ouvrables si extraction à partir de cellules de levure

Exigences pour les échantillons

Option 1 : ADN génomique déjà extrait

Type	Taille du génome	Conc. min.	Volume min.
ADN génomique	< 20 Mb	50 ng/μl	20 μl

Critères de qualité ADN :

ADN double brin, HMW (>50 % >15 kb)
≥1 μg d’ADN total (≥1,5 μg si polissage Illumina demandé)
Pureté : 260/280 > 1,8 ; 260/230 entre 2,0–2,2
Tampon recommandé : 10 mM Tris-HCl (pH 8) avec 1–2 mM EDTA

Merci de confirmer la qualité de l’ADN avant l’envoi.

Option 2 : Pellets de cellules de levure (pour extraction ADN)

À resuspendre uniquement dans le tampon NAP (pas de RNAlater ni autres conservateurs)
Souches BSL-1 et BSL-2 accessibles à la lysozyme acceptées
Envoyez des pellets de cultures en phase exponentielle ou début stationnaire
Assurez-vous d’avoir assez de biomasse pour éviter un échec d’extraction

Remarque : nous ne cultivons pas les cellules — l’ADN est extrait directement à partir de votre matériel.